Sekretariatet blev oprettet i henhold til borgerrepræsentationens beslutning af 22. oktober 1964 (b. f. 1964-65, s. 1515, jfr. s. 1468-69) og blev etableret den 1. december 1964. Det skulle bistå borgmesteren ved varetagelsen af hans opgaver og deltage i behandlingen af sager af administrativ, økonomisk, juridisk og forfatningsmæssig karakter.
Sekretariatet blev nedlagt i 1997, da magistratsstyret blev ophævet.