Vibenshus Skole blev indviet den 18. august 1892 som friskole. Skolen blev opkaldt efter det lille traktørsted ”Lille Vibenshus”, der lå på hjørnet af Jagtvej og Østerbrogade (dengang Strandvejen). Traktørstedet var opkaldt efter en for længst afdød værtshusholder, Jens Jensen Vibe, som ejede stedet i 1708.
I august 1897 blev skolen betalingsskole. I 1915 besluttede borgerrepræsentationen, at der ikke mere skulle betales for skolegang og skolen blev kommuneskole.
Den 12. marts 1945 blev skolen beslaglagt af den tyske besættelsesmagt, der benyttede skolen til at huse tyske flygtninge. Skolen blev atter rømmet den 11. september 1945.