Oprettet 1956 som sekretariat for Skattedirektoratet, der frem til 1968 sorterede under Den Økonomisk-Juridiske Forvaltning (A 16), hvorefter Skattedirektoratet blev en selvstændig forvaltning under samme navn.
1998 nedlægges Skattedirektoratet som selvstændig forvaltning, får betegnelsen Skatteafdelingen og lægges under Økonomidirektoratet (A 16). Ved ændringerne i forvaltningsstrukturen i 2003 og nedlæggelsen af Økonomidirektoratet omdannedes Skatteafdelingen til en selvstændig linjeenhed udenfor forvaltningsstrukturen.
Afdelingen nedlagdes ved skatteområdets overførelse til den statslige myndighed SKAT i 2005.
