Foreningen er stiftet i 1887 og organiserede alle handlende. Efterhånden organiserede foreningen fortrinsvis kolonialkøbmænd og blev i begyndelsen af 50erne tilsluttet hovedorganisationen De samvirkende Købmandsforeninger i Danmark.
På den baggrund indgik foreningen og Frederiksberg Købmandsforening (se A 2026), forslag om navneforandring, således at Frederiksberg Handelsforening fra 1/4-1954 betegnedes Frederiksberg Købmandsforening.
Foreningen dannede desuden Frederiksberg Handelsforenings Hjælpefond i 1904. Fondet var en art hjælpekasse, der i nødstilfælde kunne give hjælp til enker eller meget nære pårørende af afdøde medlemmer.
