Oprettet 1916 som privatskole med navnet Dr. Priemes Vejs Gymnasium ved fusion af M. Bobergs højere Pigeskole (A 5044), I.H.Teisens højere Pigeskole (A 5043) og V.Schmidt-Phiseldecks og A. Tiemroths Skole (A 5045).
I 1919 blev gymnasiet overtaget af staten under navnet Falkonergårdens Gymnasium. Det havde frem til 1946 alene gymnasie- og højere pigeskoleklasser. Pigeskoleklasserne erstattedes gradvist med mellemskoleklasser. I 1986 blev gymnasiet overtaget af Frederiksberg Kommune.
Hovedparten af skolens arkiv er afleveret til Landsarkivet for Sjælland, Lolland-Falster og Bornholm,jf. Statens Arkivers søgebase Daisy (www.sa.dk) eller Erik Nørr: Gymnasieskoler - administration og arkiv, bd. 1, 1989, s. 25-32.
Frederiksberg Stadsarkiv har arkivalier fra Falkonergårdens Gymnasium fra 1986 og fremefter. I 2007 blev gymnasiet en selvejende instition, men fortsætter med at aflevere arkivalier til Frederiksberg Stadsarkiv.
Skolen har haft adresse på Dr. Priemes Vej 3 og Sønderjyllands Allé 25.