Pastor Thomsens dagbøger er ikke bevaret komplet, men næsten. Dagbøgerne dækker årene 1904, 1907-1908, 1914-1915, 1918-1919, 1923-1924, 1930 og 1935-1945. Pastor Thomsen døde 27. december 1945, og hans dagbøger vidner om, at han var aktiv til og med 25. december. Dagbøgerne er private, men vidner også i høj grad om hans virke som sognepræst.
