Den første lærer for Marstrup Skole blev ansat i 1779. Omkring 1850 blev skolen flyttet fra Sønder Marstrup til en ny skolebygning på Marstrup Bygade 111. Den nuværende skole på Marstrup Bygade 115 blev indviet i foråret 1914. Efterfølgende blev skolen udvidet og i 2000 fik skolen en ny tilbygning.
Fra skoleåret 2009/2010 indgik Marstrup Skole i Fællesskolen Hoptrup Marstrup Vilstrup.
