Skolevæsenet i Sdr. Stenderup sogn startede i et lille hus fra 1638 nær kirken. Kirkens degn fungerede som lærer. Huset nedbrændte sammen med en stor del af Sdr. Stenderup 1807, og blev først erstattet af et nyt 3 år senere. I 1860 blev der opført en skolebygning i sognets østlige del efter pres fra borgerne.
Den kommende Sdr. Stenderup Centralskoles første bygninger bestod af et rødstenshus med to klasseværelser, der stod færdigt til brug i 1926 som Sdr. Stenderup Lille Skole. Bygningerne blev brugt til forskoleklasserne med de yngste elever (1.-4.klasse). Den gamle skolebygning ved kirken fungerede som 5.-7. klasses lokaler.
Beslutningen om at gøre Sdr. Stenderup Skole til sognets centralskole blev truffet, da Stenderupskov Skole oplevede faldende elevtal i 1930erne. En anden faktor var ændringen af skoleloven i 1937, der gav stødet til en stor udvidelse af skolebygningen i Sdr. Stenderup. Fra 1938 var de ældste klasser i Sdr. Stenderup, mens forskoleeleverne blev flyttet til Stenderupskov Skole mod øst, der desuden skulle fungere som lærerbolig. Den ældste skolebygning ved kirken skulle fungere som lokaler for sløjd og hjemkundskab. Ændringen skabte utilfredshed i Stenderupskov. Man indgik et kompromis, hvor Sognerådet tildelte eleverne en cykel til transporten. Ordningen var gældende frem til 1958, hvor der blev etableret skolekørsel i forbindelse med afviklingen af forskolen i Stenderupskov.
Som en følge af Folkeskoleloven i 1958 enedes Sdr. Stenderup og Sdr. Bjert Sogneråd i 1959 om, at eleverne i 8. og 9. klasse skulle undervises i Sdr. Bjert. I 1970 indlemmedes Sdr. Stenderup Sognekommune i Kolding Kommune. Det medførte oprettelsen af en børnehaveklasse. I 1975 omlagdes skoledistrikterne for at redde Sdr. Stenderup Skole, så børnene fra det nordlige Agtrup kom til at gå i skole i Sdr. Stenderup. I 1985 oprettede man på forsøgsbasis en skolefritidsordning, der blev gjort permanent i 1987.
Sdr. Stenderup Centralskole blev registreret som udeskole i foråret 2014 i forbindelse med en delundersøgelse af projektet ”Udvikling af Udeskole (UaU)”, som blev gennemført for Undervisningsministeriet og Miljøministeriet af Niels Ejbye-Ernst (VIAUC) og Peter Bentsen (Steno Diabetes Center)
