Oprettet 1988 som afdeling under Hospitalsdirektoratet (A 300). Ved oprettelsen af Hovedstadens Sygehusfællesskab og hospitalsvæsenets overførelse hertil i 1995 blev sekretariatet underlagt Sundhedsafdelingen (A 260) under Socialdirektoratet. Nedlagt 1999, hvor opgaverne blev overført til Forebyggelsessekretariatet (A 261).
