Efter de amtskommunale sygesikringsopgavers overførelse fra Københavns Kommune til Frederiksberg Kommune oprettedes 1988 under Socialdirektoratet Sygesikringsafdelingen, der fra 1992 blev overført til den nyoprettede Sundhedsafdeling, hvortil i 1995 lagdes AIDS- og alkoholsekretariatet (A 262). I 1996 oprettede man under afdelingen Forebyggelsessekretariatet m.h.p. det sundhedsfaglige forebyggende arbejde i kommunen.
1999 nedlagdes AIDS- og alkoholsekretariatet, hvis ressort overførtes til Forebyggelsessekretariatet.
Sundhedsafdelingen blev nedlagt ved udgangen af 2006, idet sagsområdet blev overført til Region Hovedstaden De resterende kommunale opgaver på sundhedsområdet overførtes samtidig til det i 2005 nyopretede Frederiksberg Sundhedscenter (A 695).
