Fra 1661 til 1840 bestod Københavns bystyre af magistraten og de 32 mænd. De skulle sammen tage beslutning om byens styrelse. De 32 mænd havde noget indflydelse på byens økonomiske forhold, men det var magistraten, der havde den udøvende myndighed. En del sagsområder var lagt ud til særlige kommissioner og direktioner.
Magistraten havde en overpræsident, 2-4 borgmestre og 6-8 rådmænd. De var alle sammen kongeligt udnævnt, overpræsident og borgmestre udpeget af regeringen og rådmændene af kongen. Efterhånden blev stillingerne først og fremmest besat med embedsmænd med juridisk uddannelse.
Fra 1. januar 1840 blev de 32 mænd skiftet ud med borgerrepræsentationen, som fik en del mere indflydelse en de 32 mænd havde haft. For eksempel indstillede borgerrepræsentationen de seks rådmænd, som derefter skulle godkendes af kongen.
Mellem 1795 og 1857 var magistratens opgaver som udgangspunkt fastlagt ved en instruks af 28. august 1795. Instruksen fastslår, at magistraten er øvrighed i København og at dens embedspligter er sammenlignelige med andre købstæders magistrat og stiftsamtmændene. Politi og justitsvæsen hører til gengæld ikke under magistraten.
En del opgaver, som ikke er nævnt i instruksen, fortsatte uændret fra før 1795. Der var en hel del ændringer i magistratens organisation og arbejdsområder mellem 1795 og 1857.
I 1801 tog Danske Kancelli initiativ til, at magistraten blev delt op i fire hovedområder, men allerede i 1805 blev det igen lavet om, denne gang til to sekretariater, og fra 1818 tre sekretariater.
Nogle afgrænsede arbejdsområderne blev bestyret af særlige kommissioner og direktioner. For eksempel Økonomikommissionen, der tog sig af alle ekstraordinære udgifter i kommunen og kommissioner og direktioner oprettet af kongen for fattigvæsen, skolevæsen, brand- og vandvæsen, brolægningsvæsen, indkvartering, havnevæsen m.m.
Arbejdsgangen i magistraten var afhængig af overpræsidenten, som åbnede brevene, indkaldte til magistratens møder, fordelte sagerne og havde tilsyn med, at sagerne blev afsluttet.
Fra 1805 var det sekretærernes opgave at opsummere sagerne i referatprotokollen, vedlægge tidligere sager og sende sagen til den tilsynsførende borgmester. Borgmesteren udarbejdede et skriftligt forslag til resolution og sagen blev forelagt for magistraten ved rådstuesamlingen.
Sekretæren refererede sagerne for magistraten, borgmesteren gjorde opmærksom på vigtige omstændigheder ved sagen og skrev beslutningen (resolutionen) i resolutionsprotokollen. Sekretæren skrev herefter udkast til de nødvendige skrivelser, som borgmesteren skulle se, og magistraten godkende og underskrive.
