Arkivalierne fra Blegdamshospitalet, herunder patientjournalerne, er fordelt på fem forskellige arkiver, nemlig et hovedarkiv for hele hospitalet og et separat arkiv for hver af de fire afdelinger.
Blegdamshospitalets arkiv (1879-1975):
Hovedarkivet består af tre arkivgrupper, nemlig Administrationen, der bl.a. indeholder journalsager og korrespondance, Regnskaber, der omhandler hospitalets økonomiførelse og endelig Patienterne. Denne arkivgruppe indeholder bl.a. kronologisk førte mandtalsbøger (1879-1934) og dagbøger (1879-1974) over patienterne, samt protokoller over døde patienter (1879-1973) og deres efterladenskaber.
Epidemisk afdelings arkiv (1879-1974)
De egentlige patientjournaler for behandlingen af de epidemiske og smitsomme sygdomme findes i Epidemisk afdelings arkiv. Patientjournalerne opdelt i fire perioder, der hver er ordnet forskelligt:
1879-1914: ordnet efter år, måned for udskrivning/død og fortløbende journalnumre.
1915-1940: ordnet efter diagnose. Indgange til disse to grupper af journaler er hhv. Mandtalsbøger og Register over patienter (se herover).
1940-1970: ordnet efter patienttyper (patienter, genoptræningspatienter, karantæne, udlændinge) og der findes kartoteker til hver gruppe.
1971-1974: ordnet efter fødselsdato
I arkivet findes også patientjournalerne fra polioepidemien i 1952 og fra de 109 japanere der blev indlagt 3. februar 1975 med akut stafylokokinfektion i mave-tarmkanalen.
Øreafdelingens arkiv (1939-1974)
Øreafdelingens arkiv indeholder patientjournaler fra den Otologiske afdeling (Øreafdelingen), og der findes et kartotek over patienterne som indgang til journalerne. Det er ordnet alfabetisk efter familienavn, og flere familiemedlemmer findes på samme journal.
Medicinsk afdelings arkiv (1946-1975)
Medicinsk afdelings arkiv indeholder bl.a. patientjournaler, der er henlagt efter år og løbenummer. Indgangen til journalerne er patientkartoteker for henholdsvis kvinder og mænd, der er ordnet efter fødselsdato, samt et særskilt diagnoseregister, der dækker perioden 1948-1958. Derudover indeholder arkivet bl.a. patientjournaler fra den før omtalte gruppe af stfylokokinficerede japanere.
Børneafdelingens arkiv (1955-1969)
Børneafdelingen på Blegdamshospitalet blev oprettet i 1955 ved nedlæggelse af Børnehospitalet på Martinsvej. Afdelingens arkiv indeholder patientjournaler, der er inddelt efter fødselsdato.
