Børnehuset blev genoprettet i 1662 af Københavns Fattigvæsen og skulle i begyndelsen tage sig af omstrejfende børn og sætte dem i arbejde. Anstaltens formål var desuden at forebygge og hæmme det tiltagende betleri og løsgængeri.
I 1605 grundlagde Christian 4. et tugt- og børnehus ved Pesthuset over for Peblingesøen, der skulle samle alle løsgængere, fattige og forældreløse.
I 1621 befalede kongen at opdele institutionen i et tugthus og et børnehus. Børnene fik en simpel boglig uddannelse og skulle fra 12-årsalderen lære et af børnehusets håndværk, derunder tekstilproduktion.
I 1658 blev Børne- og tugthuset ved Peblingesøen revet ned.
I 1662 skænkede kongen Børnehuset en gård på Christianshavn. Gården skulle indledningsvis huse forældreløse børn, der strejfede omkring og tiggede ved dørene. Børnehuset blev dermed genoprettet.
I 1665 lod kongen en valkemølle opføre ved Ebberød for Børnehuset. 5 år senere blev et farveri oprettet ved Papirmøllen.
I 1682 ejede Børnehuset og dets kapitaler i alt over 111.000 rigsdaler. En hollandsk klædemanufaktur var blevet indrettet, der skulle forsyne hovedstaden samt Sjælland med tøj og stof. Derimod blev linnedvæveriet og hattemageriet nedlagt.
I 1709 blev en del af Børnehuset indrettet til rasp- og spindehus. I rasphuset skulle forbryderne afsone deres straf.
I 1790 ophørte Børnehuset med at eksistere. Bygningen tjente derefter som først Tugt-, Rasp- og Forbedringshus og sidenhen som Kvindefængslet på Christianshavn.
Pakken indeholder sager vedr. Børnehusets kapitaler 1646, 1669, 1688, 1691, 1744-59, sager og regnskab vedr. jordegodset i Benløse 1680-1721, sager vedr. Benløse gods 1718-22, Børnehusets kvitteringer for de af magistraten modtagne renter af dets kapitaler 1700-34 og diverse 1667-1739.
