I journalerne indførtes de enkelte sager. Frem til 1876 blev de kaldt referatprotokoller. Journalerne, som de kom til at hedde, kaldes også hovedjournaler for at afskille dem fra de sagligt afgrænsede journaler (for eksempel beværterjournal, journal for Vartov eller lignende). Der er til journalerne registre, såvel navneregistre som sagregistre (fra 1904 er der kun sagregistre).
Indtil 1881 blev sagerne indført i kronologisk orden i journalen. Der blev skrevet et ekstrakt eller opsummering af den enkelte sag, og sagen fik et journalnummer. Sagsindførslerne indeholder desuden Magistratens resolutioner samt notater om sagsgangen. Indtil 1903 blev værgemålssager indført i hovedjournalen. Til disse sager findes et særskilt register (se værgebeskikkelse).
Enkelte sager blev ført på samlenumre, hvor sager af samme type indførtes på ét journalnummer, og under det fik de enkelte sager et løbenummer. Fra 1882 fik en del af disse ´samlenumre´ faste numre. I starten var der 12 faste numre (nr. 1-11 og 100). Antallet blev efterhånden udvidet, så ved periodens slutning (1938) var nr. 1-101 afsat til faste numre (det var dog ikke alle numre, der blev benyttet). Indholdet af de faste numre skiftede en del, så en sag kan have op til 8 forskellige journalnumre i perioden (1882-1938).
Intern note: 1A 1-90.