I 1830’erne hærgede koleraen i Europa, og fordi der var konstateret kolera i nærheden af Danmark, blev der etableret et overtilsyn med sundhedsvæsenet. Hvis kolera skulle brede sig i byen, skulle tilsynet fordeles mellem flere sundhedskommissioner, enten efter stadens 12 kvarterer eller en anden passende inddeling.
I 1848 blev Kommission af 9. juli 1812 til forflyttelse af visse næringsveje genoprettet ved, at Kommission af 30. marts 1848 angående visse for sundheden skadelige næringsvejes henlæggelse udenfor hovedstaden blev nedsat. Kommission af 1812 var af mangel på penge blevet nedlagt i 1820. Kommissionen angående de sundhedsskadelige næringsveje anbefalede i 1852 at oprette en almindelig sundhedskommission for København, men en sådan blev først etableret i forbindelse med byens første sundhedsvedtægt af 1860.
Da koleraen brød ud i sommeren 1853 og sundhedskollegiet den 24. juli havde erklæret København for at være smittet med kolera, trådte den overordentlige sundhedskommission sammen, og der blev oprettet distriktskommissioner. Den overordentlige kommission var derefter byens øverste myndighed i alt, hvad der vedrørte sundhedsvæsenet, og så længe koleraen stod på, var den samlet på rådhuset hver dag.
Det første tilfælde af sygdommen indtraf den 11. juni 1853, det sidste den 13. oktober samme år, dog var der enkelte tilfælde i 1854, 55 og 57. I de fire måneder sygdommen varede angreb den 7219 personer, med dødelig udgang for 4737 personer. Til lindring af nøden i anledning af sygdommen kom der frivillige gaver ind på 120.000 rigsdaler, medens kommunens udgifter var 220.911 rigsdaler.
Fra koleratiden er der kun bevaret et mindre antal sager fra den overordentlige kommission og kun en enkelt distriktskommissions sager (Sct. Annæ Øster kvarter). Ved foreløbig lov om foranstaltninger i anledning af kolera fra 1857 fik den overordentlige sundhedskommission beføjelser til at træffe de foranstaltninger, der var nødvendige, til at standse kolera på kommunens regning. Retsforfølgelse som følge af overtrædelser af kommissionens forbud eller pålæg skulle foretages ved politiretten. Denne lov blev ophævet ved bekendtgørelse senere i 1857.
Politidirektøren var formand for både den overordentlige kommission, den hygiejniske kommission og kommissionen af 30. marts 1848 angående visse for sundheden skadelige næringsvejes henlæggelse udenfor hovedstaden. Det har formodentlig været en af de afgørende grunde til, at der er sket en sammenblanding af kommissionernes arkiver.
Regelgrundlag for Kommissionen til at føre et overordentligt tilsyn med sundhedstilstanden:
Anordning af 19. juni 1831
Kommissionen af 30. marts 1848 angående visse for sundheden skadelige næringsvejes henlæggelse udenfor hovedstaden
Kongelig resolution af 4. februar 1851
Kommissionen af 12. marts 1851 til forbedring af de hygiejniske forhold i København
Bekendtgørelse af 28. november 1857
Lov af 12. januar 1858
Sundhedsvedtægt af 26. oktober 1860
Foreløbig lov om foranstaltninger i anledning af kolera af 19. september 1857
