Indtil 1897 var bestyrelsen af de legater, stiftelser og kirker, som hørte under magistratens 1. afdeling, ordnet sådan, at sager om udfærdigelse af fundatser, styrelse af formuen, uddeling af legater og lignende hørte under magistratens 1. afdelings sekretariat, mens bogholderiet og regnskabsvæsenet hørte under stadens hovedbogholderkontor.
Da denne ordning ikke var tilfredsstillende, blev Magistratens legatkontor oprettet 1. februar 1897 og overtog alle opgaverne, der havde med legaterne og stiftelserne at gøre. Fra 1. september 1972 blev legatadministrationen lagt under direktoratet for stadens almindelige øvrighedsforretninger.
Legatformuen var i 1873 cirka fem millioner kroner, i 1897 cirka 13 millioner kroner, og i slutningen af regnskabsåret 1972-73 var den på 67,2 millioner kroner fordelt på 640 legater og otte stiftelser.
Formuen bestod dels af stiftelsernes faste ejendomme, dels af tre ejendomme, som tilhørte et legat, bogført med deres ejendomsværdi med fradrag af prioritetsgæld med 13,5 millioner kroner, og dels af private panteobligationer til et samlet beløb af 1,3 millioner kroner og 51,4 millioner kroner i obligationer fra forskellige kreditforeninger og lignende, samt en million kroner, som stod til forrentning i bank, sparekasse og i stadens hovedkasse.
I 1998 overgik administrationen af legater og stiftelser til Kultur- og Fritidsforvaltningen, Øvrighedskontoret.
Regelgrundlag for Magistratens legatkontor:
Borgerrepræsentationens forhandlinger 1896-97, s. 1778 f.
Kommunalbestyrelsens beslutning af 22. juni 1972
