1998 Under Uddannelses- og Ungdomsforvaltningen, Ungdoms- og voksenområdet (7314).
2006 Under Børne- og ungdomsforvaltningen.
Som følge af kommunalreformen overgik gymnasier og HF til selveje under staten fra 1. januar 2007.
Undtaget herfra var Sankt Annæ Gymnasiums gymnasieafdeling, som via en særlig lovbestemmelse fortsat drives af Københavns Kommune efter tilladelse fra undervisningsministeren.
