Kunstnerisk leder Jesper Lützhøft og komponist Mogens Winkel Holm fik i 1994 bevilling til at åbne Den anden Opera som en del af Kulturby 96. I 1995 åbnede teatret i de gamle frimurerloge-lokaler i Kronprinsensgade 7. I foråret 2016 flyttede teatret til Ragnhildgade 1/Emblasgade 15. Musikteatret blev nedlagt 30/6 2018 på grund af manglende driftsbevillinger.
