Stiftelsen blev oprettet af etatsråd, rådmand Hans Nicolaj Nissen og hustru Eva Catharine Pechüle ved fundats af 20. januar 1764. Stiftelsen ejede Glostrup og Vallensbæk kirker, og dens første formål var vedligeholdelsen af kirkerne og det Nissenske kapel. Hvad der derefter blev tilovers, skulle anvendes til hjælp for fattige børn. Jordegods i Kraghave, Kallerup og Hedehusene i Høje Tåstrup sogn, som tilhørte testatorerne overgik til stiftelsen.
Det Nissenske kapelgods blev oprettet af ægtefællerne ved testamente af 6. oktober 1767 med tillæg af 6. februar 1771.
I 1948 overgik Glostrup kirke til selveje i henhold til Kirkeministeriets skrivelse af 25. maj samme år. Skrivelsen bestemte, at de forpligtelser den Nissenske stiftelse havde haft over for kirken, blev afløst ved afgivelse af afløsningssummen for kirketiende samt alt, hvad kirken i øvrigt ejede af kapitaler, indtægter og jorder, herunder bl.a. ´kirkeboligerne´, matr.nr 30 af Glostrup. Vallensbæk kirke overgik i 1955 til selveje, og stiftelsens formue blev i juni samme år overført til stiftsøvrigheden for Københavns stift.
I 1857 blev stiftelsen lagt under magistratens 1. afdeling. Godsforvaltningen var dog henlagt til forvalteren på Bistrup gods. I 1962 blev administrationen af kapelgodset overført til legatkontoret.
Regelgrundlag for Den Nissenske Stiftelse og Det Nissenske Kapelgods:
Vedtægt af 30. december 1857
