Sundbyøster Skole blev oprettet 1913 som friskole. I 1915 blev skolen kommuneskole, da borgerrepræsentationen besluttede at ophæve betalt skolegang og skellet mellem betalings- og friskoler forsvandt.
Den 27. marts 1945 blev skolen beslaglagt af den tyske besættelsesmagt, som benyttede den til at huse tyske flygtninge. Senere blev skolen anvendt som lazaret. Skolen blev rømmet den 4. juli 1945.
