Den Classenske Legatskole blev oprettet i 1793 og skulle ifølge Johan Frederik Classen give opdragelse og undervisning til fattige soldaters børn. Skolen åbnede i januar 1794. Skolen var placeret i Artillerikasernen i Strandgade på Christianshavn, og fik to værelser: et til undervisning og et til arbejdsanstalt for eleverne.
I 1895 flyttede skolen til Wildersgade 5. I 1901 overgik skolen fra krigsministeriet til kulturministeriet og i 1918 modtog Københavns kommune skolen som gave. Den blev gjort til en distriktsløs fællesskole, som modtog elever pr. ansøgning. I 1938 flyttede Den Classenske Legatskole til den nedlagte Vester Voldgades Skoles bygninger i Vester Voldgade 98.
I 1945 blev skolen beslaglagt af den tyske besættelsesmagt, som benyttede den til at huse tyske flygtninge. Senere blev skolen benyttet som epidemihospital. Skolen blev rømmet igen i 1946.
I 1975 blev skolen indlemmet i de eksisterende skoledistrikter. I øvrigt var skolen lukningstruet i 1960’erne og 1980’erne.
Arkivalier før 1919 (eller anlagt før 1919 og videreført efter) findes i Landsarkivet for Sjælland.
