Clausens borgerskole blev oprettet 1860 i Gothersgade 14. I 1862 ændrede den navn til Clausens realskole. I 1882/83 ændrede den navn til Kjær og Lyngbyes realskole og flyttede til Ole Suhrsgade 10. I 1919 flyttede skolen til Ravnsborggade 11 og blev den 1. august samme år overtaget af kommunen under navnet Københavns kommunale drengeskole i Ravnsborggade.
I 1923 flyttede skolen til Hindegade (Fredericiagade 39) og fik navnet Sct. Annæ vestre skole. Bygningen i Ravnsborggade 11 fortsatte under navnet Ravnsborggades skole. Da kommunen i 1938 overtog De forenede kirkeskoler, blev midlerne anvendt til fordel for sangskolen, som flyttedes til Sct. Annæ vestre skole, der fra 1.april førte navnet De forenede kirkeskoler (Sangskolen).
Skolen blev 1. august 1953 omdannet til gymnasium, indviet 25. august, og fik navnet Sct. Annæ gymnasium.
