Den 29. marts 1945 blev skolen beslaglagt af den tyske besættelsesmagt, som benyttede den til at huse tyske flygtninge. Skolen blev rømmet den 5. september, og i oktober 1945 begyndte undervisningen igen på skolen. Indtil marts 1946 blev eleverne fra Frederikssundsvejens Skole også undervist her.
