Efter 1661 bestod magistraten af tre til fire borgmestre og et skiftende antal rådmænd, normalt seks til otte. De var alle valgt af kongen. Formanden for magistraten var en borgmester, som blev kaldt præsident og fra 1748 overpræsident.
I 1840 udstedte Christian den 8. en anordning om kommunalstyrelsen i København. Fremover skulle overpræsidenten og borgmestrene stadig udpeges af kongen, men rådmændene skulle vælges af borgerrepræsentationen. Borgerrepræsentationen blev oprettet i 1840 og afløste de 32 mænd.
I 1857 blev det vedtaget, at magistratens medlemmer skulle vælges af borgerrepræsentationen efterfulgt af en kongelig stadfæstelse. Der var fire borgmestre, som blev valgt for livstid, og fire rådmænd, der blev valgt for seks år ad gangen. Overpræsidenten, der fortsat var formand, blev stadigvæk udpeget af kongen.Magistraten behandlede sager, som angik kommunen, for eksempel vedtægten og det årlige budget.
I 1938 blev magtfordelingen mellem magistrat og borgerrepræsentation fastslået. Borgerrepræsentationen havde den besluttende myndighed, mens magistraten havde den administrative myndighed. Overpræsidenten udtrådte af magistraten og formandskabet overgik til den valgte Overborgmester.
I 1978 fik Københavns Kommune en ny styrelseslov i kølvandet på kommunalreformen. Magtfordelingen mellem borgerrepræsentation og magistrat fortsatte, men magistratens syv medlemmer skulle alle vælges fra borgerrepræsentation og rådmandsinstitutionen forsvandt.
I 1998 blev magistratsstyret nedlagt.
