Bellahøj Skole blev indviet i 1937. I marts 1945 blev skolen beslaglagt af de tyske besættelsestropper. Den skulle fungere som opholdssted for tyske flygtninge. Skolen blev fra maj 1945 anvendt til lazaret for tyske patienter med smitsomme sygdomme. Skolens elever kunne igen overtage skolen den 6. november 1945.
I 1999 blev en større ombygning og udbygning påbegyndt og i 2007 blev Bellahøj Skole landets første idrætsskole. Grundtanken var, at motion, bevægeglæde, leg, sundhed og socialt samvær skulle gennemsyre hele skolens liv.
