Sankt Annæ Gymnasium har både en gymnasieafdeling og en folkeskoleafdeling.
Som følge af kommunalreformen overgik gymnasierne (og HF) til selveje under staten fra 1. januar 2007.
Undtaget herfra var Sankt Annæ Gymnasiums gymnasieafdeling, som via en særlig lovbestemmelse fortsat drives af Københavns Kommune efter tilladelse fra undervisningsministeren.
