Skolen blev oprettet i begyndelsen af 1700-tallet for penge, der var kommet ind ved kirkebækkenet i henhold til forordningen 4. juli 1707.
Indtil 1720 var det sognepræsten alene, der stod for tilsynet med skolen, derefter blev det udvidet med et magistratsmedlem. Skolen blev også kaldt ”Christianshavns danske Fattiges Skole”. I 1800 blev skolen forenet med Vor Frelsers Korskole og blev derfor også kaldt ´Vor Frelsers Kor- og Fattigskole´. Skolen boede til leje.
Kirkeskolerne
Alle Kirkeskolerne blev oprettet i Frederik den fjerdes regeringstid. Den ældste, Helliggejsts, var fra 1702, den yngste, Trinitatis, fra 1727. I fundatserne blev de oprindeligt kaldt danske fattigskoler for at adskille dem fra den latinske Vor Frue skole. De blev senere kaldt kirkeskoler, fordi de havde tilknytning til sognekirkerne og lå i nærheden af dem. De var friskoler for fattige børn af begge køn med bopæl indenfor sognets grænser.
Disciplene i Vor Frue latinske skole, den senere Metropolitan-skole, havde et slags monopol på at synge i kirkerne, men fra 1797 blev korsangen i kirkerne overdraget til kirkeskolerne, mod at Metropolitanskolen ydede dem et vederlag på 120 rigsdaler årligt.
I 1858 blev samtlige kirkeskoler nedlagt og lærerkræfterne afskediget pr. 30. april 1859. Børnene blev fordelt på byens forskellige skoler efter forældrenes bopæl, og deres skolepenge blev betalt af Kirkeskolernes fonds. Kirkeskolerne blev sammensluttet til ”De forenede kirkeskoler”, som begyndte sin virksomhed efter sommerferien i 1864.
Regelgrundlag for Kirkeskoler:
Reskript af 28. dec. 1805
Resolution af 7. mar. 1806
Kongelig resolution af 27. sep. 1857
