Den 7. marts 1702 gav kongen tilladelse til Helliggejst kirkeskoles oprettelse. Den blev bygget på Helliggejst kirkegård ved den nordre kirkeport. Skolen brændte 1728 og blev genopført på Kokkegades modsatte side, matr.nr. 143/1807 i Frimands kvarter. Ifølge magistratens instruks af 5. marts 1705 skulle sognepræsten føre tilsyn med skolen, men dog i alle vigtigere sager forhandle med magistraten. Efterhånden kom tilsynet til at bestå af sognepræsten samt et medlem af magistraten.
Kirkeskolerne
Alle Kirkeskolerne blev oprettet i Frederik den fjerdes regeringstid. Den ældste, Helliggejsts, var fra 1702, den yngste, Trinitatis, fra 1727. I fundatserne blev de oprindeligt kaldt danske fattigskoler for at adskille dem fra den latinske Vor Frue skole. De blev senere kaldt kirkeskoler, fordi de havde tilknytning til sognekirkerne og lå i nærheden af dem. De var friskoler for fattige børn af begge køn med bopæl indenfor sognets grænser.
Disciplene i Vor Frue latinske skole, den senere Metropolitan-skole, havde et slags monopol på at synge i kirkerne, men fra 1797 blev korsangen i kirkerne overdraget til kirkeskolerne, mod at Metropolitanskolen ydede dem et vederlag på 120 rigsdaler årligt.
I 1858 blev samtlige kirkeskoler nedlagt og lærerkræfterne afskediget pr. 30. april 1859. Børnene blev fordelt på byens forskellige skoler efter forældrenes bopæl, og deres skolepenge blev betalt af Kirkeskolernes fonds. Kirkeskolerne blev sammensluttet til ”De forenede kirkeskoler”, som begyndte sin virksomhed efter sommerferien i 1864.
Regelgrundlag for Kirkeskoler:
Reskript af 28. dec. 1805
Resolution af 7. mar. 1806
Kongelig resolution af 27. sep. 1857
