Skolens oprindelse skyldes reskript af 28. september 1714, hvor Holmens kirkes kateket (hjælpepræst) fik tilladelse til at få 100 rigsdaler om året af det indkomne beløb fra kirkebækkenet mod at undervise de fattige børn i sognet, som ikke fik undervisning i Holmens korskole.
Holmens korskole var fra Chr. IVs tid, men brændte ligesom kirkeskolen i 1795. De to skoler blev derefter forenet under navnet Holmens kor- og friskole eller Holmens fattig- og korskole i Laxegaden. Sognepræsten førte tilsynet med skolen.
Kirkeskolerne
Alle Kirkeskolerne blev oprettet i Frederik den fjerdes regeringstid. Den ældste, Helliggejsts, var fra 1702, den yngste, Trinitatis, fra 1727. I fundatserne blev de oprindeligt kaldt danske fattigskoler for at adskille dem fra den latinske Vor Frue skole. De blev senere kaldt kirkeskoler, fordi de havde tilknytning til sognekirkerne og lå i nærheden af dem. De var friskoler for fattige børn af begge køn med bopæl indenfor sognets grænser.
Disciplene i Vor Frue latinske skole, den senere Metropolitan-skole, havde et slags monopol på at synge i kirkerne, men fra 1797 blev korsangen i kirkerne overdraget til kirkeskolerne, mod at Metropolitanskolen ydede dem et vederlag på 120 rigsdaler årligt.
I 1858 blev samtlige kirkeskoler nedlagt og lærerkræfterne afskediget pr. 30. april 1859. Børnene blev fordelt på byens forskellige skoler efter forældrenes bopæl, og deres skolepenge blev betalt af Kirkeskolernes fonds. Kirkeskolerne blev sammensluttet til ”De forenede kirkeskoler”, som begyndte sin virksomhed efter sommerferien i 1864.
Regelgrundlag for Kirkeskoler:
Reskript af 28. dec. 1805
Resolution af 7. mar. 1806
Kongelig resolution af 27. sep. 1857
