I 1679 blev der oprettet en særlig Vanddirektion, fordi byens vandforsyning var utilfredsstillende, og mange af vandkompagniernes medlemmer skyldte penge helt tilbage fra 1662. Der var også mange borgere, der havde brugt vand uden at betale for det.
Fremover skulle Vanddirektionen føre tilsyn med alle de fysiske dele af vandforsyningen, dømme i konflikter mellem kompagnierne og sørge for at afgifterne blev betalt til tiden og brugt, som de var bestemt til. Forordningen bestemte også, at skyldige restancer skulle betales til stadens kæmner (kasserer), og at alle, der brugte vand, skulle anmelde sig til ham. Begge dele skulle ske inden førstkommende mikkelsdag (29. september, dengang almindelig skiftedag og betalingsterminsdag).
I 1680 kom en ny fundats om pumpevandet inklusive instruks for vandmestrene og i 1690 en fundats om springvandet. Deltagerne i kompagnierne skulle vælge vandinspektører, som skulle holde øje med vandmestrene, sørge for at vandrenderne blev vedligeholdt, have opsigt med søer, sluser, grøfter med mere, fordele udgifter og indkassere afgifter. De kongelige pumpevandsrender og den kongelige springvandsrende stod den kongelige fontænemester for. Alt dette stod under Vanddirektionens tilsyn.
I 1691 besluttede Vanddirektionen, at det skulle anbefales til vandinspektørerne, at de skulle lade ingeniør Franciscus von Hammershaimb optegne de enkelte kompagniers vandrender på kompagniernes egen bekostning. Det skulle ske, for at sikre at man kunne genfinde vandrenderne, der lå skjult i jorden, når vandmestrene døde. Disse kort og tilsvarende fra senere optegnelser findes i Stadsarkivets Kort- og Tegningssamling.
I 1714 overgik Vanddirektionens funktioner til Over-, brand- og Vandkommissionen.
Regelgrundlag for Vanddirektionen:
Forordning af 27. aug. 1679
Fundats om pumpevandet af 20. november 1680
Fundats om springvandet af 28. august 1690
Forordning af 16. marts 1714
