Skolen blev oprettet i 1938 under navnet Stenkilde og lå på Bogø. Den 1. juni 1943 flyttede skolen til Birkerød og skiftede navn til Furesøkolonien. I 1998 kom kolonien under Uddannelses- og Ungdomsforvaltningen.
Skolen er en specialskole for det københavnske skolevæsen. Det er en døgninstitution for 20 børn fra indskoling til omtrent 7. klasse. Skolen har til huse i en stor ombygget og moderniseret gård.
Børne- og Ungdomsudvalget traf beslutning om obervationskolonien Furesøkoloniens nedlæggelse pr. 31. juli 2007 på sit møde 24. januar 2007.
