I 1704 blev der oprettet et nyt Kommercekollegium, som bestod af erfarne købmænd, som boede i København. Kollegiet skulle behandle alle sager, der vedrørte handlen. Det skulle særligt være opmærksomt på indrettelsen af manufakturer og især dem, der behandlede landets egne produkter. Det skulle understøtte nyanlæg og kontrollere ældre firmaer.
Kollegiet skulle undersøge udlændinges forslag og ansøgninger om privilegier. Det skulle også gennem korrespondance med blandt andet konsuler holde sig ajour med handelsforhold i andre byer og i udlandet. Det kunne komme med forslag til bestemmelser i handelstraktater og om forhøjelse af tolden. Hvert år skulle kollegiet rapportere om, hvad det havde foretaget sig.
Kommercekollegiet skulle tjekke diverse papirer i forbindelse med søhandel, selvom det fortsat var borgmester og råd, der sørgede for at ekspedere dem. Ansøgeren og skipperen var forpligtet til at gøre rede for, hvad kollegiet måtte have brug for at vide.
Kollegiet var også appeldomstol i stridigheder og klager mellem redere og deres skippere og mellem skipperne og deres matroser. Kommercekollegiets domme kunne appelleres til højesteret.
I 1708 blev Kommercekollegiet lagt samt med tilforordnede til politiet til et Politi- og Kommercekollegium. Man mente, at begge myndigheder behandlede de samme sager. Politi- og Kommercekollegiet må betragtes som både et statsligt kollegium og som en kommunal myndighed. Det blev nedlagt i 1731.
