Indtil 1857 hørte stadens bogholder- og kassererkontor under Kæmneriet, og kæmneren havde tilsyn med bogholderen. Derfor findes enkelte arkivalier i Stadskæmnerens arkiv. Bogholderkontoret var både hovedbogholderi og detailbogholderi for forskellige institutioner, og skulle ifølge regnskabsvedtægten fra 1840 føre journalen, bibøger til journalen og hovedbøgerne. Skattekontoret, som blev oprettet i 1862, overtog enkelte sager fra Bogholderkontoret.
Fra omkring 1900 blev det kaldt Staden Københavns hovedbogholderkontor, og indtil 1906 hørte det direkte under borgmesteren for magistratens 2. afdeling. Fra 1907 hørte det under Direktoratet for Stadens hovedbogholderi og revision sammen med den nyoprettede administrative revision. Magistratens 3. afdelings bogholderkontor tog sig dog af deres eget bogholderi.
I 1937 blev Direktoratet opdelt i Direktoratet for stadens regnskabsvæsen og Direktoratet for stadens revision. I 1938 overgik begge til overborgmesterens afdeling.
De legater, der sorterede under magistratens 1. afdeling, hørte indtil 1896 under Bogholderens kontor. I 1897 blev Magistratens legatkontor oprettet under magistratens 1. afdeling, og legatkontoret førte legatregnskaberne.
