Strandparkskolen blev oprettet i 1870-71 som en privatejet institution, Nielsens Realskole for Svagtbegavede Drenge, med adresse i Ole Surhsgade. Midlerne til skolens drift fik man blandt andet ved en ansøgning til Københavns Skolekommission. Omkring år 1900 blev skolen slået sammen med en tilsvarende pigeskole. Midt i 1930’erne blev Strandparkskolen underlagt tilsyn af Østifternes Åndssvageanstalter som led i socialreformen, men den vedblev at være privatskole.
I forbindelse med etableringen af eksternatskoler for ”debile børn” umiddelbart efter 2. verdenskrig ændrede skolen status og blev nu ”Træningsskole”. I 1972 fik skolen navnet Strandparkskolen, da den lå overfor Amager Strandpark. Skolen har ligget flere forskellige steder i byen. Ved særforsorgens udlægning i 1980 blev skolen en kommunal folkeskole og elevsammensætningen blev igen bredere.
Strandparkskolen er en specialskole for elever med fysiske- og psykiske funktionsnedsættelser, og den underviser efter folkeskolelovens § 20.2.