Hovedbogholderiet fik ved omorganisationen i 1937 følgende opgaver: - at føre kommunens centralbogholderi - at aflægge kommunens årsregnskab - kassekontrollen ved stadens hovedkasse - kontrollen med institutionernes anvisning på hovedkassens bankbeholdninger - afvikling af institutionernes indbyrdes mellemværender - korrespondance med hovedkassens bankforbindelser - at være organisationskontor, som skulle komme med forslag til forbedringer af regnskabsvæsenet
Hovedbogholderiet overtog også nogle af de sagsområder, som kontoret for stadens lån havde varetaget: - tage sig af sager, der vedrørte direktoratet som helhed - at forvalte stadens gæld - at udtrække obligationer - noteringsinstituttet - indskrivningsinstituttet - at medvirke ved optagelse af obligations- og gældsbrevslån samt prioritetslån
Endelig var hovedbogholderiet regnskabsfører for forskellige afsnit af driftsregnskab og status.
I 1976 overgik hovedbogholderiet til Økonomidirektoratet, regnskabsafdelingen.
