Bavnehøj Skole blev opført i 1930. Den nyklassicistiske bygning blev tegnet af stadsarkitekt Poul Holsøe. I april 1945 blev skolen beslaglagt af den tyske besættelsesmagt, som benyttede den til at huse tyske flygtninge. Skolen blev genåbnet i august 1945.
I perioden 2000-2003 gennemgik skolen en større ombygning, som blandt andet gav nye klasselokaler og faglokaler.
