Bygningskommissionen blev oprettet i henhold til § 63 i byggeloven af 29. marts 1939, der trådte i kraft den 1. jan. 1940. Den skulle behandle en række sager, angivet nærmere i loven. Samtlige af disse sager er nævnt i en instruktion stadfæstet af indenrigsministeriet 6. december 1939.
Bygningskommissionen bestod almindeligvis af ni medlemmer, fire var tilknyttet magistratens 4. afdeling, en blev valgt af kommunalbestyrelsen og tre af boligministeriet. To af de tre valgt af boligministeriet blev valgt efter indstilling fra institutioner, der repræsenterede bygningsmæssig sagkundskab. Direktøren for arbejdstilsynet tiltrådte kommissionen efter regler fastsat af indenrigsministeriet 5. april 1940. Medlemmerne og deres suppleanter blev valgt for et tidsrum af fire år.
Bygningskommissionens formand var borgmesteren for magistratens 4. afdeling. Direktoratet for staden Københavns bygningsvæsen behandlede de sager, der forelagdes kommissionen.
Bygningskommissionen ophørte i 1977, da en ny byggelov trådte i kraft.