Miljøplanlægning, kortlægning og overvågning af recipienter samt erhvervsaffald og jordstrømme. Endvidere koordinering af myndighedsmæssig behandling af større anlægsprojekter.
Miljøkvalitetsafdelingen var opdelt i Kontor for planlægning og overvågning, Kontor for erhvervsaffald og jordstrømme og Kontor for jord og anlægsaktiviteter.