I Nikolaj kirkeskoles fundats, som blev kongeligt konfirmeret 16. oktober 1706, var sognepræsten sammen med et medlem af Magistraten skolens forstandere. Skolen blev også kaldt St. Nikolaj Fattigskole. Den holdt oprindelig til i lejet lokale, fra 1709 i Hvælvingen. Efter pesten i 1711 fik den egen bygning i Hvælvingen. Den blev ombygget i midten af 1700-tallet, men brændte i 1795 og genopbygget på matr.nr. 102/1807 Øster kvarter.
Kirkeskolerne
Alle Kirkeskolerne blev oprettet i Frederik den fjerdes regeringstid. Den ældste, Helliggejsts, var fra 1702, den yngste, Trinitatis, fra 1727. I fundatserne blev de oprindeligt kaldt danske fattigskoler for at adskille dem fra den latinske Vor Frue skole. De blev senere kaldt kirkeskoler, fordi de havde tilknytning til sognekirkerne og lå i nærheden af dem. De var friskoler for fattige børn af begge køn med bopæl indenfor sognets grænser.
Disciplene i Vor Frue latinske skole, den senere Metropolitan-skole, havde et slags monopol på at synge i kirkerne, men fra 1797 blev korsangen i kirkerne overdraget til kirkeskolerne, mod at Metropolitanskolen ydede dem et vederlag på 120 rigsdaler årligt.
I 1858 blev samtlige kirkeskoler nedlagt og lærerkræfterne afskediget pr. 30. april 1859. Børnene blev fordelt på byens forskellige skoler efter forældrenes bopæl, og deres skolepenge blev betalt af Kirkeskolernes fonds. Kirkeskolerne blev sammensluttet til ”De forenede kirkeskoler”, som begyndte sin virksomhed efter sommerferien i 1864.
Regelgrundlag for Kirkeskoler:
Reskript af 28. dec. 1805
Resolution af 7. mar. 1806
Kongelig resolution af 27. sep. 1857
