Økonomikontoret blev oprettet i 1999 under Administrationskontoret. Ved oprettelsen koordinerede og forestod afdelingen Vej og Parks budget- og regnskabsopgaver og varetog den centrale overordnede økonomistyring. Afdelingen varetog også bogføring for Byggedirektoratet, Plandirektoratet og Bygge- og Teknikforvaltningens sekretariat.