En stor del af sagerne fra børneværnet er desværre kasseret. Der findes en del protokoller, men flere protokoller har ingen indgange.
Fremgangsmåden i børneværnssager var typisk som følger:
1. En sag blev modtaget i Københavns Børneværn
Børneværnet blev underrettet af en anden myndighed eller en privatperson om et forhold, der krævede Børneværnets opmærksomhed, f.eks. vanrøgt af børn.
2. Sagen blev undersøgt
Ved anmodning om hjælp skulle Børneværnet undersøge, om der var grundlag for at gå videre med sagen, samt tage stilling til, om der var behov for hjælp fra det offentlige og i så fald, hvilken hjælp, der var brug for.
3. Sagen gik videre eller blev frafaldet
Ud fra de oplysninger, Børne- og ungdomsværnet havde indsamlet, blev sagen enten oprettet eller frafaldet. Gik sagen videre blev den afhængig af sagens type enten uddelegeret til Magistratens 3. afdeling (Forsørgelsesvæsenet), der primært tog sig af sager vedrørende forebyggende foranstaltninger eller af Børneværnet selv, der traf beslutning om fjernelse af børn mv.
4. Sagen blev forhandlet og en beslutning blev truffet (se under Forhandlingsprotokoller)
Beslutningerne blev nedskrevet i Magistratens børneværnsprotokol eller i forhandlingsprotokollen for den børneværnskreds, hvorunder sagen hørte.
5. Sagen blev oprettet, og beslutningen gennemført (se under Forhandlingsprotokoller, kredsprotokoller og B-protokol)
Magistratens børneværnsprotokol og forhandlingsprotokollerne for kredsene henviser til sagen, der afhængigt af sagens indhold og karakter er placeret i Børneværnets forsorgsprotokol, 1955-1962, kredsprotokoller, 1933-1955, eller B-protokoller, 1933-1978. Der er sager til forsorgsprotokoller, kredsprotokoller og B-protokoller.
6. Sagen førte evt. til en plejesag og tilsyn (se under Tilsyn med børn/Plejetilsyn)
Blev barnet sat i dag- eller familiepleje, blev sagen indført i 'Andragende om plejetilladelse', 1934-1967 eller i plejesagsprotokollen, 1967-1973.
Tilsynet med sagen førtes i perioden 1933-1946 af Børneværnskontoret og 1946-1967 af Direktoratet for Børne- og Ungdomsværnet. Tilsynet er indført i Tilsynsprotokol over plejebørn, 1924-1967, der kan henvise til B-sager eller Tilsynsprotokol over børn født udenfor ægteskab og bidragsnydende børn, 1943-1965, der ligeledes kan henvise til B-sager.
7. Sagen henlægges (se under B-protokol)
Ved barnets/den unges afgang fra børneværnet henlagdes sagen i Københavns Børneværn B50-protokoller og de tilhørende B50-sager.