Fra 1852 benævnt Separationsprotokol. I løbet af 1700-tallet blev separation og skilsmisse muligt efter kongelig bevilling. Udviklingen fra separation til muligheden for at få en egentlig skilsmisse skete gradvist.
Magistratens opgave var, hvis parterne var enige, at bevilge ægtefolk separation fra bord og seng. Hvis parterne ikke var enige om separation, kunne Magistraten forsøge at mægle mellem parterne. Mæglingen kunne dreje sig om bodelingen, underholdsbidrag eller børnenes opvækst. Magistraten kunne også indhente erklæring fra mandens arbejdsgiver om, hvor meget han var i stand til at betale til kones og børns underhold. Hvis mæglingen ikke lykkedes, indhentede Magistraten en tilladelse til separation fra Danske Kancelli, og Magistraten udstedte efterfølgende en bevilling.
Fra 1795 til og med 1857 stod Københavns Magistrat for bevilling til separation. Fra 1858 overgik opgaven til Københavns Overpræsidium.
Protokollerne indeholder beskrivelser af sagerne vedrørende separation. Sagerne er indført kronologisk i rækkefølge efter journalnummer, og de tilhørende dokumenter er henlagt efter hvert år.
Der er navneregister i hvert bind.
Der kan i referatprotokollerne være henvisninger til 1.sekretariats sager.
- HP = Hoved Protocol (se Magistratens 1. sekretariats arkiv - Sekretariatets almindelige ekspeditioner - Referatprotokoller).
- SP = Separations Protocol.
