Regnskaberne 1696-99 og 1723-27 mangler.
Bilagene 1580-1709, 1721, 1760, 1815, 1858 og 1859 mangler. Bygningsudgifter fra før 1778 findes i Helliggeist og Nikolai kirkes regnskaber.
Indeholder i reglen pr. år 1 bd. eller 1 hft. med regnskab, evt. 1 hft. kopiregnskab, 1 læg bilag, fra ca. 1740 til 1797 regnskab ført af rektor. Fra slutningen af 18. århundrede nævnes skolens bibliotek i regnskabernes titel.
Regnskaberne er aflagt af en rådmand eller borgmester (politimester). Ifl. skoleforordning af 17. april 1739 § 54, jfr. reskript af 27. dec. 1771 og 28. feb. 1772, skulde skolens kurator stedse være en studeret borgmester. Denne administrerede såvel skolens egne kapitaler som legaterne imod rektors eller disciplenes kvittering.
Regnskaberne skulde revideres af de to ældste borgmestre og decideres og kvitteres af direktørerne, magistraten og bispen.
Fra 1818 er regnskaberne aflagt af Magistratens 3. sekretariat.
Indtægterne bestod af renter af skolens kapitaler, der bestod i to gårde i Skovlunde og ellers var anbragt i huse i København.
Bilagene, der er fyldigst i det 18. århundrede, kan, da disciplene fik sko og klæder, indeholde regninger for leveret klæde, skomager- og skrædderarbejde, bilag for stipendier og brød (brøduddelingen ophørte 1743, jfr. bilagene for dette år). Der er lister over disciplene (18. århundrede) samt i sidste fjerdedel af 18. århundrede sognevis førte lister over afdøde personer i København, da skolen havde indtægter af ligbæring. Endvidere indkvarteringsskattebilletter, fæstebreve, skiftepapirer, tvangsauktions-dokumenter, regninger for bygningsarbejder og andre papirer vedr. skolens gårde og huse.
