Også kaldt referatprotokoller. Autoriseret af kommissionen selv. Indeholder referater af de ved kommissionen behandlede sager og kommissionens resolutioner.
Sagerne er, i lighed med hvad der skete ved brandkommissionen, refereret som poster for hver af kommissionens mødedage. Sagerne har i protokollerne desuden fået numre, i begyndelsen både ´S´- numre (´sagsnumre´?) og ´J´- numre (´journalnumre´) samt årstal, fra 1807 ´V.V.´-journalnumre og år, jfr. VK 23-88.
