Genoptræning København er overordnet ansvarlig for strategier og faglig udvikling på genoptræningsområdet, og skal fagligt understøtte og rådgive både myndigheds- og udførerfunktionen på servicelovens og sundhedslovens genoptræning.
Staben har myndighedsfunktion på Sundhedslovens genoptræning og vederlagsfri fysioterapi, og skal i samarbejde med lokalområderne såvel som regionen implementere sundhedslovens opgaver vedr. genoptræning. Staben er altså overordnet ansvarlig for at koordinere den ambulante genoptræning af københavnere i alle aldre efter udskrivning fra hospital samt for at etablere rammer for københavnernes deltagelse i vederlagsfri fysioterapi.
Genoptræning København er desuden ansvarlig for genoptræningsområdets overordnede controlling, effekt- og koncept-styring, kvalitetsudvikling samt sundhedsfaglige dokumentation. Derudover er Staben driftsansvarlig for Ryg- og Genoptræningscenter København.
Som stabsfunktion varetager Genoptræning København den politiske betjening i forhold til genoptræningsområdet.