Københavns magistrat udøvede den almindelige bygningsmyndighed, som tidligere var blevet administreret af Bygningskommissionen. Bygningskommissionen blev oprettet i 1856 og ophævet i 1939. Bygningsmyndigheden i København blev lagt under magistratens 4. afdeling og under afdelingen blev et nyt sekretariat, 2. sekretariat, oprettet.
Alle sager, der vedrørte det egentlige bygningsvæsen hørte under sekretariatet:
- meddelelse af byggetilladelser
- dispensationssager
- sager angående en bebyggelses lovmæssighed
- ankesager
- ordens- og vedligeholdelsessager
- hegnssager
- retssager i anledning af overtrædelser af byggelovgivningen
- udfærdigelse og ændringer af vedtægter og regulativer vedrørende bygningsvæsenet
- udstyknings- og andre matrikulære sager
- sager vedrørende bygningsmæssig rådighed over gadeareal
- alle sager, som krævede behandling i bygningskommissionen
- sager vedrørende fællesudvalget for det storkøbenhavnske luftbeskyttelsesområde
- afgiften for afløbsarbejder (tidligere under til stadsingeniørens direktorat)
Kasse- og regnskabsvæsen for afdelingens to sekretariater samt stadsbygmesterens og stadskonduktørens direktorater hørte også under 2. sekretariat. Dog overtog stadens hovedkasse de rent kassemæssige forretninger fra 1. april 1944.
Sekretariatet afgav også udtalelser i sager om tilskud til beredskabsprojektering, som blev ekspederet af overborgmesterens afdeling (Kontoret for Boligstøtte). Før magistratens afgørelse blev truffet, blev de enkelte sager sendt til høring i institutionerne, der hørte under magistratens 4. afdeling.
Sekretariatets arkiv rummede de sager, der var blevet behandlet af magistraten og den tidligere bygningskommission og omfattede i alt cirka 40.000 matrikelnumre. Arkivet var på 3000 hyldemeter.
I 1945 blev 1. sekretariat og 2. sekretariat lagt sammen og fra 1946 blev det kaldt Direktoratet for Staden Københavns Bygningsvæsen.
»Meddelelser fra Københavns Bygningsvæsen« blev udgivet under redaktion af stadsbygmesteren.
Regelgrundlag for Magistratens 4. afdelings 2. sekretariat:
Lov af 17. marts 1856
Lov nr. 148 af 29. marts 1939
Vedtægt for Københavns Kommunes regnskabsvæsen og revision af 31. marts 1939
Administrationsvedtægt af 18. dec. 1939
Afgiftsvedtægt for staden Københavns bygningsvæsen af 29. dec. 1939
