Skolen blev oprettet i 1934 som Skolen ved Skellet. I 1938 ændrede den navn til Ålholm Skole.
Den 27. marts 1945 blev skolen beslaglagt af den tyske besættelsesmagt og blev benyttet til at huse tyske flygtninge. Fra den 7. december 1945 blev eleverne undervist på Lykkebo Skole, indtil Ålholm Skole genåbnede den 23. januar 1946.
