I 1805 foreslog magistraten, at opgaverne blev fordelt på to sekretariater og det blev godkendt af det Danske Kancelli.
2. sekretariat skulle tage sig af: - Kæmneriet (byens bogholderi), Økonomikommissionen, Erstatningsfondskommissionen - Skatter og afgifter - Erstatninger for krigsskader efter 1807-bombardementet - Port- og passagepenge samt tilrejsende og rejsepas - Vragerne - Justitssager (straffesager) - Politi- og havnevæsenssager - Sundhedspolitiet - Justervæsenet (justering og salg af mål og vægt) - Brand-, vand-, lygte og renovationsvæsenerne - Vejvæsenet og Brolægningskommissionen - Kommissionen vedrørende Bidstrup Gods - Forsvarsvæsen og indkvartering - Laugene og fabrikkerne - Tildeling og fratagelse af borgerskab - Byggesager og brandforsikring - Anvisning af taksations- og besigtigelsesforretninger - Ansøgninger om mindre offentlige bestillinger - Sager vedrørende jordemødre - Sager vedrørende vægtere - Postvæsen - Præmier for at redde druknende - Ansøgninger om nedsat fængselsstraf - Ansøgninger om at kalde sig ´hof-´ (f.eks. guldsmed) - Afholdelse af offentlige baller - Slagterboder og tømmerpladser - Offentliges og privates arbejdsløn samt kommunalt ansattes pensioner og orlov m.v. - Hyrevogne - Regulering af kommunens grænser
Regelgrundlag for Magistratens 2. sekretariat: Fordeling af magistratens forretninger godkendt af Danske Kancelli den 7.marts 1805 Reskript af 14.april 1819
