I 1966 blev den tidligere administrationskommission og de udvalg, den havde nedsat, ophævet som led i en nyordning af rationaliseringsvirksomheden inden for Københavns kommune. Kommissionens sekretariat blev etableret som en permanent, selvstændig institution under betegnelsen »Københavns kommunes organisationskontor«.
Samtidig blev der nedsat et udvalg, »Københavns kommunes organisationsudvalg«, som sammen med organisationskontoret virkede som kommunens centrale rationaliseringsorgan. Dette udvalg behandlede principielle rationaliseringsspørgsmål, var rådgivende og vejledende over for organisationskontoret og varetog endvidere problemer af kontroversiel karakter m. v. Til udvalget var tilforordnet repræsentanter for magistratens 1.-5. afdeling.
Organisationskontoret havde til opgave at medvirke til en øget effektivitet og dermed en god økonomi i den kommunale virksomhed gennem ydelse af bistand vedrørende spørgsmål om organisation, forretningsgange, arbejdsmetoder m. v.
Sådan bistand kunne ydes dels ved udførelse af rationaliseringsundersøgelser, navnlig inden for tværgående områder, samt ved konsultativ virksomhed vedrørende organisatoriske problemer, deltagelse i udvalgsarbejde med sigte på rationalisering, foranstaltning af kursusvirksomhed og lignende, og dels ved rådgivning med hensyn til antagelse af eksperter udefra. Desuden var det pålagt kontoret at medvirke til en samordning af de kommunale rationaliseringsbestræbelser.
I 1978 blev Organisationskontoret nedlagt.
Regelgrundlag for Organisationskontoret:
Borgerrepræsentationens forhandlinger 1965-66, s. 930-35, s. 3710-19 og tillæg s. 257-70
Borgerrepræsentationens forhandlinger 1966-67 , s. 882-84