Ifølge reskript af 14. august 1801 blev magistratens administration fordelt på fire hovedfag, der fik hver deres borgmester. 15. februar 1805 blev denne ordning nedlagt, og magistratens opgaver blev i stedet fordelt på to sekretariater.
Magistratens 1. hovedfag havde ansvaret for følgende områder: - Arv og skifte - Fattigvæsen - Forligelsesvæsen - Handel - Kirker og skoler - Kollektfondet - Kuratorbeskikkelser - Legater - Overformynderi - Religion - Offentlige stiftelser - Søfart - Toldvæsen - Umyndige - Ægteskab (separation)
